موزه علوم طبیعی یزد در سال 1370 با هدف ارتقا دانش در مدرسه ایرانشهر و به دستور آموزش و پرورش استان به بهره‌برداری رسید. بازدید از این موزه، گردشی پررمزوراز در طبیعتی بی‌جان را فراهم می‌کند. هریک از چهار بخش اصلی موزه به صورت تخصصی به علوم زیست‌شناسی، زمین‌شناسی، نجوم و فیزیک می‌پردازند. بخش زیست‌شناسی با نمایش 250 گونه گیاه بومی، 150 گونه جانوری و بخشی برای آناتومی و مراحل تشکیل جنین پربازدید‌ترین بخش موزه محسوب می‌شود. در سالن پرندگان انواع پرندگان وحشی و اهلی به صورت تاکسیدرمی وجود دارند و پس از آن ورود به سالنی پر از گیاه، جنگلی فرح‌بخش را تداعی می‌کند. در بخش جانوری انواع پستانداران، خزندگان و ماهی‌ها را مشاهده می‌کنیم که به اطراف چشم دوخته‌اند و زنده به نظر می‌رسند. نمایش سنگواره‌ها، حیوانات نادر و جنازه زنی که قدمت هرکدام از آن‌ها به قرن‌ها قبل باز می‌گردد، دیدنی‌های هیجان‌آور موزه به شمار می‌روند. در بخش فیزیک چندین مدل کار با ریاضی و رایانه وجود دارد. بخش نجوم هم شامل رصدخانه و افلاک نماست که توجه عاشقان اجرام آسمانی را به خود جلب می‌کند. نزدیکی این موزه به مجموعه امیرچخماق، مجتمع تجاری ستاره و موزه کامبرین امکان دسترسی آسان به سایر جاذبه‌های یزد را می‌دهد.