دبیرستان مصطفی خمینی اهواز در سال 1304 (اوایل دوره پهلوی) و در راستای اجباری شدن تحصیل تاسیس شد. این مرکز علمی در ابتدا کار خود را با نام دبیرستان شاپور آغاز کرد و هنوز پس از گذشت سالیان طولانی، به تربیت، تدریس و بالندگی نوجوانان این شهر مشغول است. چهره‌های مشهور و توانای زیادی در این مدرسه به تدریس پرداخته‌اند که از آن جمله می‌توان به استاد معین و استاد عطا که با نام ادبی احمد محمود فعالیت داشت، اشاره کرد. این مدرسه، که اولین دبیرستان استان خوزستان است، به سبک معماری مگارن یا مقصوره ساخته شد. به عبارت دیگر می‌توان آن را تلفیقی از معماری رومی و ایرانی دانست. اما دیوارها و سقف این بنا تماما از کاهگل پوشانده شده است؛ زیرا با گذشت زمان مدیران این مجموعه هر بار لایه جدیدی کاهگل بر دیوارها و سقف بلند آن اضافه می‌کردند و به این ترتیب، دبیرستان شاپور اهواز، دیوارهای ضخیمی دارد. دبیرستان مصطفی خمینی اهواز در سال 1379 به ثبت آثار ملی رسیده است. در سال 1383 یک بنای جدید در کنار دبیرستان قدیمی ساخته شد تا دانش‌آموزان بتوانند در فضایی امن و تازه به تحصیل بپردازند.